Es así que Lagos fue socio fundador de Trufas del Sur y Trufas del Nuevo Mundo, donde su trabajo dentro de las organizaciones fue el de producción ya sea de las plantas micorrizadas como la plantación de las propias trufas en los campos. Hoy en día, Agustín Lagos es referente en la producción de plantas micorrizadas con trufas, así como también en asesoría del cultivo. A pesar de los riesgos inherentes al cultivo de la trufa, debido a su dependencia de condiciones climáticas y edafológicas favorables, existe una tendencia hacia métodos de producción más responsables con el medio ambiente.
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